如今常用的堆肥技术可分为一般堆肥（厌氧堆肥）和高温堆肥（好氧堆肥）两种方式。
前一种的发酵温度较低，方法简单。后一种一般要加入发酵剂，通过混合原料的高温发酵，优点是可以杀灭大部分的病菌、虫卵和杂草种子。
堆肥发酵，主要目的是利用微生物将有机残体(如作物秸秆、杂草、树叶、泥炭、垃圾以及其它废弃物等)，进行矿质化、腐殖化和无害化，使各种复杂的有机态的养分，转化为可溶性养分和腐殖质。
目前，农民们主要采用的一般堆肥法这种方式，它是我国农民使用了上千年的堆肥方法，采取简单混合、人工堆放、自然发酵的方式，但存在几个比较大的缺点，一是堆肥发酵时间过久，二是发酵期间异味重，严重污染空气质量，还有就是。
农民在进行堆肥时，基本上都是在一些靠近养殖场、果园或者田地旁边找一点空地，把粪污、秸秆等拉过来，集中堆放在一处就不再管它了，让它经过几个月的堆放发酵再使用。堆肥的温度不超过50℃，腐熟时间较长，约3-5个月。堆积方法随季节等条件而不同，有平地式、半坑式及地下式三种。
高温堆肥是如今很多生产有机肥的企业都在使用的堆肥技术，堆肥过程主要分为升温、高温和降温三个阶段。有两种类型的高温堆肥方法：扁平型和半坑型。
堆肥发酵与发酵菌剂、温度、湿度、时间、发酵底物种类、大小、翻堆时间等密切相关。一般要加入发酵剂，通过混合原料的高温发酵，促进发酵底物的快速发酵和腐熟，同时，可以杀灭其中的病菌、虫卵和杂草种子。
主要流程为筛选（粉碎）—混合—发酵（翻堆）—腐熟—（调制）—成品。
目前，市面上所有的商品有机肥，均是采用好氧堆肥。
当然了，农民也是可以进行好氧发酵堆肥的。
把机残体平铺在地面，然后再添加微生物有益菌群，这种菌群包括细菌、放线菌、霉菌以及酵母菌，是一个微生物复合体，通过这些复合菌的联合协同作用，使有机质能够快速完全降解，达到有机肥料的使用标准。
这种复合菌群在发酵过程中除了自身有除臭功能，完全达到环保要求进行无害化降解之外，通过这种方式还可以加速堆肥发酵速度，从过去的好几个月降低到7-10天。
因为微生物能够更好的分解有机质解磷、解钾、固氮，提高有机肥营养成分 20%~30%。在发酵过程中看，菌肥发酵剂中的功能微生物大量吞噬有害细菌，使发酵后的肥料有害菌大大减少，有效防治土壤病害的发生。
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